Los primeros restos de asentamiento humano se remontan a la Edad de Bronce, encontrándose restos arqueológicos al sur del término municipal. Los restos más antiguos encontrados en el pueblo son de época romana, encontrados en la Mezquita. De esta misma época son los restos arqueológicos de Santa Eulalia.
Durante el dominio musulmán Almonaster fue una importante localidad. En esta época se levantó la mezquita-castillo, sobre los restos de las antiguas construcciones romana y visigoda.
En 1230 cayó en manos cristianas, pasando a formar parte de Portugal y posteriormente de Castilla. Perteneció al Concejo de Sevilla y fue propiedad del Arzobispado.
Desde 1822 forma parte de la Provincia de Huelva. En los últimos dos siglos el municipio ha vivido de la minería, que supuso un incremento de la población muy importante, haciendo que superase los 9.000 habitantes en las primeras décadas del siglo XX, siendo así uno de los municipios más poblados de la provincia. Con el declive de las explotaciones, y desde mediados del siglo XX Almonaster sufre las consecuencias del éxodo rural.
Fotografía CC Rafael Tovar